2011年课题
| 起止时间 | 经费来源 | 课题名称 | 负责人 | 课题编号 | 金额（万） |
| 2008-2011 | 传染病防治 科技重大专项 | 慢性乙型肝炎临床转归相关的病毒学机制研究 | 袁正宏 | 2008ZX10203 | 718万元(其中复旦198.4万） |
| 2009-2013 | 国家重点基础研究发展计划（973计划） | HCV复制的分子细胞机制研究-丙型肝炎病毒感染及防治的基础研究 | 易志刚 | 2009CB522500 | 165 |
| 2010-2012 | 国家自然基金面上项目 | HCV NS5A与FKBP38结合对mTOR信号通路及细胞凋亡的影响 | 童文燕 | 30970158 | 30 |
| 2010－2012 | 国家自然基金青年科学基金项目 | HBV多聚酶抑制干扰素-α激活的JAK-STAT信号通路机制研究 | 邬敏 | 30900062 | 18 |
| 2011-2013 | 国家自然基金面上项目 | Prox1抑制IL-2表达的分子机制及在CD4+ T细胞活化中的作用 | 谢幼华 | 31071143 | 30 |
| 2012-2015 | 国家自然基金面上项目 | Prox1蛋白抑制乙型肝炎病毒的分子机制及应用研究 | 刘晶 | 31170148 | 50 |
| 2012-2015 | 科技重大专项传染病防治专项 | 基于病毒学的乙肝治疗新技术研究 | 谢幼华 | 2012ZX10002006002 | 591.55 |
| 2012-2015 | 科技重大专项传染病防治专项 | 影响HBV感染性的细胞和病毒因素研究 | 刘晶 | 2012ZX10004503003 | 17.23 |
| 2012-2013 | 国家重点基础研究发展计划 | 持续性感染中病毒复制的调控机制 | 谢幼华 | 2012CB519002 | 32 |
| 2011-2013 | 上海市科委 | 乙型肝炎病毒生物信息数据库建设与应用 | 谢幼华 | 11DZ2291900 | 25 |
| 2011--2012 | 与华北制药合作横向课题 | “治疗性乙肝疫苗”药效学研究项目 | 王宾 |
| 15 |
| 2011--2013 | 启动基金 |
| 王宾 |
| 200 |
| 2012-2015 | 国家科技重大专项 | 创新型结核病疫苗免疫动物模型的建立（子课题） | 瞿涤 | 2012ZX10003008-010 | 157.82 |
| 2012-2015 | 国家科技重大专项 | 增效乙型肝炎疫苗的研究（子课题） | 瞿涤 | 2012ZX10002002 | 352.8 |
| 2009-2013 | 国际合作 | 中草药有效成分及其化学合成衍生物免疫调节活性及机制的研究 | 瞿涤 | 2010DFA32100 | 94 |
| 2010-2012 | 上海市科委 | 信号转导系统对病原性葡萄球菌生物膜内代谢网络的调控机制 | 吴旸 | 10410700600 | 20 |
| 2012-2014 | 国家自然科学基金委 | 双组分信号转导系统YycG/YycF 对表皮葡萄球菌生长存活和生物膜形成的调控机制 | 吴旸 | 81101214 | 22 |
| 2011-2013 | 教育部高校博士点专科基金 | 病原性葡萄球菌生物膜内代谢的基因调控机制 | 吴旸 | 2.01001E+13 | 3.6 |
| 2011-2013 | 国家国际科技合作项目 | 结核分枝杆菌北京基因型菌株基因组及致病机制的差异研究 | 高谦 | 2010DFA34440 | 96 |
| 2008-2010 | 国家科技重大专项 | 结核病药敏及快速诊断技术研究 | 张文宏 | 2008ZX10003-003 | 1921万 |
| 2009-2010 | 国家科技重大专项 | 新发和突发传染病高通量检测技术的开发及其临床应用评估 | 张文宏、程训佳 | 2009ZX10004104 | 1277.3万 |
| 2006-2010 | 国家973计划项目 | 重大传染病细菌耐药项目子课题 | 张文宏 | 2006CB5044001 | 235万 |
| 2010-2012 | 上海市科委项目 | 潜伏结核感染的发病机制及其临床干预研究 | 张文宏 | 10XD1400900 | 40万 |
| 2012-2012 | 国家自然科学基金 | Vγ2Vδ2 T细胞在抗结核效应中的功能研究 | 张文宏 | 81161120426 | 30万 |
| 2010-2012 | 上海市科委2010年度非政府间国际科技合作项目 | LAMP和RD免疫反应在TB诊断中的应用价值研究 | 朱召芹 | 10410700300 | 10 |
| 2008-2010 | 上海市科委重点项目 | 抗结核特异性靶向造影剂对免疫缺陷患者并发结核病诊断的动物实验研究 |
| 08JC1417500 | 30 |
| 2011-2014 | 国家自然科学基金面上项目 | 抗结核特异性靶向造影剂对免疫缺陷患者并发结核病诊断的动物实验研究 |
| 81071153 | 40 |
| 2010 -2012 | 上海市优秀学科带头人计划（A类） | HIV粘膜感染预防策略的研究。 | 张晓燕 | 10XD1403500 | 40万元。 |
| 2011 -2014 | 上海市医学领军人才项目。 | 专业方向“感染免疫与生物预防学” | 张晓燕 | 【沪卫科教〔2010〕058号】。 | 30万元。 |
| 2011 -2013 | 上海市科委 | 上海市新发与再现传染病防控技术服务能力建设。 | 张晓燕 | 11dz2292900 | 200万元。 |
| 2012 -2015 | 国家自然科学基金 | 人肠道粘膜免疫细胞特征及对病毒感染的影响。 | 张晓燕 | 81171553 | 58万； |
| 2012 -2016 | 国家973项目 | 重要病毒持续性感染形成和维持的分子机制研究。 | 张晓燕 | 2012CB519001 | 65万元 |
| 2011 -2013 | 国家自然科学基金 | 记忆性T细胞池中优势表位免疫学特征与 亚优势表位优先活化的策略研究 | 徐建青 | -81072496 | 58万 |
| 2011-2013 | 上海市科学技术委员会 | 不同HIV免疫原续贯免疫以优先活化针对保守区T细胞免疫反应 | 徐建青 | 11XD1404200 | 40万元 |
| 2012-2016 | 国家自然科学基金重大国合项目 | 革兰阴性杆菌的质粒介导耐药机制研究 | （王明贵） | 81120108024 | 260万元 |
| 2012. -2015 | 国家自然科学基金面上项目 | 新型万古霉素耐药基因簇vanM的传播及调控机制研究 | 徐晓刚 | 81171613 | 58万元 |
| 2012-2014 | 国家自然科学基金青年项目 | 临床耐药菌株碳青霉烯酶新基因的克隆、功能及遗传环境研究 | 郭庆兰 | 81102509 | 22万元 |
| 2011- 2014 | 科技部港澳台科技合作项目 | 抗高致病性禽流感H5N1广谱疫苗的研发 | 姜世勃 | 2.012E+11 | 185万元 |
| 2011- | 复旦大学启动经费 |
| 姜世勃 |
| 180万元 |
| 2011- | 复旦大学启动经费 |
| 陆路 |
| 30万元 |
| 2011-2020 | 太原锦波生物科技有限公司 | 抗HPV感染阴道凝胶及其阴道凝胶相关产品的开发及应用 | 姜世勃、陆路 |
| 60万元 |
| 2011-2014 | 南通瑞思医药技术有限公司 | 以HIV MA蛋白为靶点的化合物的抗HIV活性检测 | 姜世勃、陆路 |
| 30万元 |