复旦大学法医学系具有硕士学位授予权和博士学位授予权，自1985年至今共招收硕士研究生71人，博士研究生19人。现有在读博士生8人，硕士研究生12人。从1985年至今共授予博士学位11人，授予硕士学位59人。
1985-2014汇总统计
| 专业类型 | 招生人数 | 毕业人数 | ||||
| 博士 | 硕士 | 合计 | 博士 | 硕士 | 合计 | |
| 法医病理 | 9 | 36 | 45 | 6 | 32 | 38 |
| 法医临床 | 4 | 8 | 12 | 4 | 4 | 8 |
| 法医物证 | 2 | 12 | 14 | 0 | 11 | 11 |
| 法医毒化 | 4 | 14 | 18 | 1 | 11 | 12 |
| 司法精神病 | 0 | 1 | 1 | 1 | 0 | 1 |
| 合计 | 19 | 71 | 90 | 11 | 59 | 70 |
培养目标
1.博士
目标为培养法医学领域德智体全面发展，身心健康，开拓型的高层次科研骨干人才。具体要求为：通过高级专业课程及相关学科领域课程的学习研究，掌握从事法医学研究的前沿技术，熟练运用一门外语进行文献检索、学术交流和科研写作；对法医学发展的前沿问题有较为广泛的了解，掌握所在研究方向的最新研究成果和发展动态，能够提出自己独特的见解，独立设计实验方案和进行创新性研究。通过实际检案锻炼，能够解决法医学鉴定中的疑难问题。掌握法医学专业和相关学科领域的理论及前沿实验技术，全面了解所攻研究方向的发展动态，能独立提出该研究方向上具有一定创新性的课题，并熟悉和全面掌握与研究课题有关的文献情况。
2.硕士
目标为培养德智体全面发展，身心健康，可在公、检、法、司系统和高校承担重任的高级复合型技术人才。具体要求为：通过基础和专业课程及相关学科领域课程的系统学习，掌握从事法医学研究和实际检案的必要的基础理论知识和实验技能，并较好地掌握一门外语，能够独立检索和阅读国内外文献；在导师的指导下设计实验方案、进行各项实验和数据分析，具备一定的科学研究的能力；参加实际检案，具有独立从事法医学鉴定的实践能力。掌握法医学专业和相关学科领域的基础理论及实验技术，了解本研究方向的发展动态，基本熟悉本研究课题的文献。
学位要求
1.博士
学位论文选题应属于本学科专业有关研究方向基础研究中的重要课题或学术发展的前沿课题，对学科发展有重要学术意义，且有明确的研究目标。 文献综述应全面掌握本学科与课题相关的国内外发展动态，对现存理论和依据做出科学分析和合理评价，并能正确地提出需要发展和有待解决的问题。 研究工作部分应有二年以上实验室研究的工作量（硕博连读生的学位论文应有三年以上的实验室研究的工作量）。在科学或专门技术方面做出创造性成果，至少有可在 SCI 杂志上发表二篇以上与研究内容相关的学术论文。原始记录规范完整并全部保留，实验数据真实可靠；整篇论文表达清楚，逻辑严密，行文流畅。
硕士
2.硕士
学位论文选题应属于本学科专业有关研究方向的基础研究或应用研究中的重要课题，对学科发展或实际应用有一定意义。 文献综述应基本掌握与课题相关的国内外研究发展动态，能明确提出待解决的问题。研究工作部分应有一年以上的实验室工作量，有一定的创造性结果，至少在国内核心刊物发表一篇以上与研究内容相关的学术论文。原始记录规范完整，并全部保留。论文的数据真实，分析严谨，表达清楚。
研究生培养成果
2014年 李立亮 博士生国家奖学金
2014年 潘晖 硕士生国家奖学金
2013年 李备栩 博士生国家奖学金
2013年 吕叶辉 硕士生国家奖学金
2012年 罗承良 博士生国家奖学金
2012年 邵煜 硕士生国家奖学金
2014年 李备栩 上海市优秀毕业生
2013年 施妍 上海市优秀毕业生
2012年 张明昌 上海市优秀毕业生
2013年 李备栩 复旦大学优秀学生标兵
开设研究生专业课程
高级法医学
高级法医病理学
高级临床法医学
分析毒物学
法医生物学
法医学专业主要科学期刊
Journal of Forensic Sciences
Forensic Sciences International
Forensic Sciences International-Genetics
International Journal of Legal Medicine
The American Journal of Forensic Medicine and Pathology
Methodology Applications of Mass
Analytical and Bioanalytical Chemistry
中国法医学杂志
法医学杂志