上世纪七十年代初，上海医科大学根据研究的需要，组织了校内从事神经科学相关研究的临床和基础的教师进行针刺原理的神经生物学机制研究的科学攻关，研究涉及神经解剖学、神经药理学、神经生理学、神经生化学、神经组织胚学、神经病学等专业的技术和理论。

    随着科学研究的发展和学科发展趋势，于1985年上海医科大学组建了国内首个神经生物学教研室，该教研室的主要任务培养具有从事神经科学研究能力的人才。该教研室的老师们坚持教学与科研相紧密结合。1992 年神经生物学教研室作为主要研究基地参与筹建和成立了医学神经生物学国家重点实验室。1996年成为高校中首个神经生物学专业研究生培养的博士点。1997-2000年，上海医科大学将神经生物学学科先后成为“211”的”重点学科群” 和 “985”工程的“重中之重”的建设单位。2002年复旦大学上海医学院在原神经生物学教研室的基础上成立神经生物学系。神经生物学学科于2002年和2007年被确认为国家重点学科。该系的教师除完成基础医学的教学工作外，作为医学神经生物学国家重点实验室的专职固定研究人员从事科学研究。
 

      本系的主要研究方向为急性和慢性神经损伤相关的神经系统疾病的防治基础研究，主要涵盖三方面的研究，即脑卒中引起的急性脑损伤及脑保护的研究，神经退行性病的发病机制与诊治研究和睡眠与睡眠障碍的神经生物学机制研究。 神经生物学系成立以来， 先后获得主持和参与上海市重大基础研究项目，多个国家科技部重大基础研究（973），自然科学重点项目和重大国际合作项目等。研究成果获得上海市医学科技进步一等奖（2003年），教育部自然科学一等奖（2011年），何梁何利科技进步奖（2004年）。 我们的教师培养的研究生曾获得全国首届优秀博士论文（1999年）和上海市优秀博士论文（2003年）。