1983-1984年日本东京理科大学访问研究员, 1990-1994年美国乔治城大学医学院任国际福格蒂研究学者和乔治城大学访问学者从事合作研究。2000年和2004年分别以访问教授短期在乔治城大学和匹兹堡大学开展合作科研。1994年以来先后任医学神经生物学国家重点实验室副主任和主任，上海市神经科学学会理事长，中国科协委员，中国神经科学会常务理事，国家自然科学基金委二审专家。现任复旦大学基础医学院神经生物学系系主任。 Neuroscience Bulletin，Acta Pharmacologica Sinica等杂志编委。为Stroke等10余种SCI杂志审稿人。
科学研究方面，她主要从事中风引起的脑损伤、脑保护和脑修复的基础研究。目前，重点研究损伤脑内神经元新生和神经-血管单元的结构和功能重建的细胞和分子机制，以及血管痴呆的防治基础研究。先后主持和完成国家973课题（2项），国家自然科学重点基金（2），国家杰出青年基金，教育部优秀教师基金，教育部重大基础研究项目和跨世纪人才基金，上海市重大研究基础项目，上海市优秀人才基金和百人计划基金。目前，主持国家自然科学科学重点项目 《神经元新生参与中风损伤脑的修复的分子和细胞机制》。研究成果发表SCI论文80余篇,研究论文被引用800次以上。研究成果分别获上海市医学科技进步一等奖（2004年）和教育部自然科学一等奖（2011年），何梁何利科技进步奖（2004年）。曾经获得全国“三八”红旗手，明治乳业生命科学奖，国家“百千万人才工程”人选。
在教学方面，她负责的《神经生物学》本科生课程获得上海市精品课程。她先后参编国内外教材和学术专著6本，主编《医学神经生物学》（2008年）。她直接指导的研究生获全国百篇优秀博士论文（1999），上海市优秀博士论文（2004）和上海市优秀硕士论文（2009），本人获宝钢优秀教师（1998）和建国六十周年上海市优秀女教师（2009）等荣誉称号。
发表论文代表作：
1． Zhao B, Pan BS, Shen SW, Sun X, Hou ZZ, Yan R, Sun FY. Diabetes-induced central neuritic dystrophy and cognitive deficits are associated with the formation of oligomeric reticulon-3 via oxidative stress. J Biol Chem. 2013 Apr 16. [Epub ahead of print]
2． Sun X, Zhang QW， Xu M， Guo JJ， Shen SW， Wang YQ， Sun Feng-Yan. New striatal neurons form projections to substantia nigra in adult brain after stroke. Neurobiol Dis. 2012, 45:602-610.
3． Zhang Y, Xiong M， Zhang LM， Huang YL， Yan RQ and Sun FY, Mutant ubiquitin-mediated b-secretase stability via activation of caspase-3 is related to b-amyloid accumulation in ischemic rat brains. J Cereb Blood Flow & Metab 2010， 30：566-575.
4． He KY, Yang SZ, Shen DH, Zhang LM, Lu SD, Sun FY.,Excision repair cross-complementing 1 expression protects against ischemic injury following middle cerebral artery occlusion in the rat brain. Gene Ther., 2009, 16(7):840-8.
5． Xiong M, Zhang T, Zhang LM, Huang YL and Sun FY., Caspase inhibition attenuates accumulation of beta-amyloid by reducing beta-secretase production and activity in rat brain after stroke. Neurobiol Dis., 2008, 32: 433-41.
6． Hou SW, Wang YQ， Xu M, Shen DH, Wang JJ, Huang F, Yu Z and Sun Feng-Yan, Functional integration of newly generated neurons into striatum following cerebral ischemia in adult rat brain. Stroke, 2008, 39: 2837-44.
发表专著代表作：
1. 主编《医学神经生物学》，上海科技出版社，2008年。
2. 参编： Functional contribution of neurogenesis in normal and stroke brain in Adult Neurogenesis and Central Nerve System Disease Edited by Jim KL, Transwaorld Research Network, Chapter 5, PP：100-131, 2010.
3. 参编：Assessment of Neurogenesis in models of focal cerebral ischemia. InAnimal Models of Acute Neurological Injuries II: Injury and Mechanistic assessment. Edited by Chen, J; Xu, XM; Xu, ZC; Zhang, JH. Springer, New York, Chapter 17, PP:163-179, 2012.
4. 参编韩济生主编: 《神经科学原理》的第55章《脑卒中》, pp1038-1065, 2009. 北京大学医学出版社出版。
