病理学系以《现代病理中心》为平台，开展了一些亚专科病理诊断项目（肾活检病理诊断、肝脏活检病理诊断及分子病理诊断等）；同时中心利用自身的优势，对校内、外科研人员提供系列的病理学形态技术方面的支持和服务项目。

《现代病理中心》是一个集传统形态病理诊断和现代分子病理检测技术为一体，服务临床科研医学转化的技术平台，也是复旦大学基础医学院高峰学科建设中浓墨重彩的一笔。作为复旦大学基础医学院公共技术平台中形态学科的重要子平台，中心围绕基础前沿交叉、疾病动物模型、分子标记物、超微病理诊断等具有未来发展新优势的重点培育方向，中心除了拥有组织切片制备及染色的全套设备外，还配齐配强相应的形态学精准化研究设备：如多光谱切片流式细胞分析系统、激光微切割、微滴式数字PCR、全自动调焦及分层摄取信号的FISH分析仪、高清切片扫描及分析仪等，着力从微定量和高内涵两大方向提升病理学科建设，并为相关科研团队提供形态学研究的技术服务。