孙晓庆
职 称：中级实验师
联系电话：
电子邮箱：xiaoqingsun@fudan.edu.cn
办公地点：复星楼102
教育经历
工作经历
获得奖项
研究方向
科研项目
代表性论著
2005.09-2009.07 扬州大学，本科
2009.09-2012.07 中国农业科学院，硕士
2020.10-至今 复旦大学基础医学院病原诊断高通量测序中心，实验师
2014.10-2019.05 美国圣路易斯华盛顿大学医学院基因科技与生物信息合成中心，科研助理
2012.08-2012.05 德国勃林格殷格翰（亚洲）动物研发中心，项目科学家
2012.12 被评为德国勃林格殷格翰（亚洲）动物研发中心“最佳员工”（1/1）
基于二代和三代高通量测序技术平台鉴别诊断临床复杂感染性样品及数据分析
NICU项目: 即Intensive Care Project, 主要探讨抗生素对加护病房早产婴儿肠道微生物菌群的影响以及由此产生的长期抗药性影响，主要采集了已使用多种抗生素的早产婴儿不同阶段的近500份粪便样品，通过16s rRNA测序和全基因组测序来探索肠道菌群组成成分的发展变化，通过构建宏基因组文库进行耐药性筛选而鉴定出新的抗药性基因。
FMT项目：即Fecal Microbiota Transplantation, 通过对进行了FMT的病人样品全基因组测序来探索FMT作为治疗手段的成功和失败原因；比较分析接受FMT之前与之后病人肠道微生物菌群的变化以及抗药性基因的变化。
Niger 项目：研究抗生素的运用对治疗尼日尔地区儿童急性营养不良的影响，实验分为阿莫西林治疗组和对照组，通过对各个时期样品的测序分析以及治愈率，营养恢复等指标判断抗生素治疗是否有效，同时通过与健康儿童的比较，分析使用抗生素后对儿童耐药基因及肠道菌群长期和短期的影响。
Gorilla-Chimp 项目：比较分析远离人群的大猩猩和动物园内大猩猩肠道菌群组成成分及结构的动态变化，探讨食物以及和人类活动关系密切的异同是否影响耐药基因的产生和发展变化。
US-PAK ICU 项目：即用相似的采样手段，分别对美国某医院及巴基斯坦某医院的加护病房各区域进行样品收集；通过细菌的分离培养及样品的全基因组测序来检验日常消毒手段是否合格，横向和纵向比较分析多重耐药菌产生的动态变化，并给出建议。
无菌小鼠实验：负责搭建无菌小鼠实验动物平台，帮助饲养和繁殖无菌小鼠。协助实验室各研究项目动物实验的开展，主要有小鼠的给药、采血、粪便的采集以及对各样品进行基因组提取和测序文库的构建。
Campbell TP, Sun X, Patel VH, Sanz C, Morgan D, Dantas D. The microbiome and resistome of chimpanzees, gorillas, and humans across host lifestyle and geography. The ISME Journal 2020; doi:10.1038/s41396-020-0634-2
Gasparrini AJ, Wang B, Sun X, Kennedy EA, Hernandez-Leyva A, Ndao IM, Tarr PI, Warner BB & Dantas G**. Persistent metagenomic signatures of early-life hospitalization and antibiotic treatment in the infant gut microbiota and resistome. Nature Microbiology 2019; doi:10.1038/s41564-019-0550-2
D'Souza AW*, Moodley-Govender E*, Berla B, Kelkar T, Wang B, Sun X, Daniels B, Coutsoudis A, Trehan I, Dantas G. Cotrimoxazole prophylaxis increases resistance gene prevalence and α-diversity but decreases β-diversity in the gut microbiome of HIV-exposed, uninfected infants. Clinical Infectious Diseases 2019; doi:10.1093/cid/ciz1186
D'Souza AW*, Potter RF*, Wallace M, Shupe A, Patel S, Sun X, Gul D, Kwon JH, Andleeb S**, Burnham CD**, Dantas G**. Spatiotemporal dynamics of multidrug resistant bacteria on intensive care unit surfaces. Nature Communications 2019; doi:10.1038/s41467-019-12563-1
Crook N*, Ferreiro A*, Gasparrini AJ, Pesesky MW, Gibson MK, Wang B, Sun X, Condiotte Z, Dobrowolski S, Peterson D, Dantas G**. Adaptive Strategies of the Candidate Probiotic E. coli Nissle in the Mammalian Gut. Cell Host & Microbe 2019; doi:10.1016/j.chom.2019.02.005
Bulow C, Langdon A, Hink T, Wallace M, Reske KA, Patel S, Sun X, Seiler S, Jones S, Kwon JH, Burnham CA, Dantas G**, Dubberke ER**. Impact of Amoxicillin-Clavulanate followed by Autologous Fecal Microbiota Transplantation on Fecal Microbiome Structure and Metabolic Potential. mSphere 2018; doi: 10.1128/mSphereDirect.00588-18
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