复旦大学基础医学院免疫学系（原上海医科大学免疫学教研室）成立于1987年，由病理生理学和微生物学教研室的部分骨干教职人员组成。其中林飞卿、何球藻、吴厚生、余传霖、林云璐、谢琪等老教授为中国免疫学界的开创者或著名学者。

        免疫学系全体教职人员经过三十余年的辛勤耕耘，已形成一支具有丰富教学经验及创新科学研究的学术梯队。现有在职教师16人，其中教授6人、青年研究员2人、副教授5人、讲师1人、科研助理2人。博士生导师8名，硕士生导师4名。国家“四青”人才3名，教育部新世纪人才1名，上海市优秀学术带头人2名，上海QR计划1名，曙光学者2名，东方学者特聘教授2名，上海市浦江人才3名，上海市启明星1名。以储以微教授团队为代表的各研究组多项研究成果获得了2018年上海市医学科技奖一等奖、2018年教育部自然科学一等奖、2020年中华医学科技奖三等奖、2021年上海市自然科学奖二等奖等奖励。   

        免疫学系通过大力优化人才与团队结构，聚焦凝练学科方向，以免疫学系及复旦大学生物治疗研究中心为依托，主要围绕恶性肿瘤、感染性疾病、自身免疫性疾病等重大疾病的免疫生物治疗及其机制研究等方向凝练系列科学问题，尤其在国内新型免疫细胞可塑性研究及免疫代谢方面占据制高点。通过基础与临床相结合的转化医学实践，为重大免疫疾病生物治疗方案的制定提供相应的理论和实践依据。