复旦大学基础医学院生理与病理生理学系由原上海医科大学生理教研室和病理生理教研室于2002年合并而成。生理教研室（原）成立于1945年，由我国著名生理学家徐丰彦教授（国家一级教授）任首届主任；病理生理教研室（原）成立于1955年，由我国著名血液学家朱益栋教授任首届主任。生理与病理生理学系经过几代人的努力追求，历经70余年的发展成为集教学、科研、临床、基础与转化医学研究以及服务社会全面发展的国家重点学科，也是国内享有盛名的基础医学的专业人才培养基地。
生理与病理生理学系现有教职工30人，其中在职教师26人，实验教辅4人；具有博士学位25人，占教职人数83%；具有高级职称人数24人，占教职人数80%；目前，博士生导师7人，硕士生导师19人。国家级人才计划获得者2人；上海市人才计划获得者2人；以及国家重大研发计划首席科学家1人。
生理与病理生理学系承担基础医学院的教学工作，为本科生和研究生开设《生理学》《高级生理学》《正常人体形态与功能学》《病理生理学》《疾病机制》《疾病探究》《高级病理生理学》《高级生理学实验》《实用生物医学实验技术》等16门课程，培养临床医学八年制（五年制）、基础医学、预防医学、MBBS等专业的学生。生理与病理生理学系主编《生理学》《病理生理学》等国家级规划教材，并承担多项教改课题和发表教学论文，指导本科生参加国际生理学知识竞赛和完成科创项目，并设立“程立教授病理生理学青年奖励基金”。
生理与病理生理学系的主要研究方向涵盖四方面的内容：1）心血管稳态维持的机制和关键心血管疾病的发病机制，包括但不限于心肌梗死，动脉粥样硬化和外周血管缺血性疾病; 小分子活性物质对生理功能与疾病的调节机制，尤其是气体小分子调节其靶分子的机制；2）干细胞生物学与心血管疾病干预；3）糖脂代谢; 4）肾功能调节和肾脏疾病机制研究。生理与病理生理学系成立以来，先后主持完成国家自然科学基金重点项目以及国家自然科学面上项目，教育部重大科技研究项目，参与国家科技部重大基础研究（973）项目等。此外，由朱依纯教授领衔的创新团队（中药来源小分子活性物质的基础及转化医学研究）获得2019年上海市高水平地方高校创新团队创新团队，该团队主要研究任务和目标为重大疾病新靶点的发现及其干预新方法的提出与实践，并以此助力小分子活性物质上海市教委重点实验室的建设。
生理与病理生理学系本着创新发展的理念，瞄准前沿科学问题，关注学科新的增长点，致力于转化医学和基础理论的新发现。生理与病理生理学系建立了一系列科学研究平台，包括心血管和肾脏动物模型平台，形态学研究平台和几个符合国际标准的分子生物学实验室。着力开展高水平的科学研究，发表具有高影响力的代表性学术成果和专著。同时积极推进人才梯队建设，一方面多方位提升青年教师能力，加强副教授梯队；另一方面多渠道加强人才引进工作，重点面向杰出青年的人才引进，对外人才引进和对内教师培养工作并举，努力培养创新人才梯队，加强师资队伍建设。
在未来“十四五”规划建设中，生理与病理生理学系将以提高教学和科研学术水平、创新能力、国际竞争力和培养优秀医学人才为导向，以重点学科和重点实验室为依托，围绕重大疾病的机制研究凝聚学术队伍，推进转化医学研究和创新团队建设，继承和发扬上医优良传统，凝聚全体师生的力量，努力促进学科发展，为创建一流医学院而奋斗。